年轻女性发生卵巢早衰大多数原因不明，90%的原因可能是先天因素所决定。即女性出生以后卵巢当中的数目太少，是引起卵巢早衰的主要因素。而生活环境不好、作息不规律、饮食不健康等都是不确定因素。

除此之外，如果患有自身免疫性疾病或者某些病毒感染，也会引起卵子数目下降，导致卵巢早衰。

最后，女性如果患有卵巢巧克力囊肿，会影响卵巢功能，也会导致卵巢早衰。或者曾经做过卵巢囊肿手术，接受过放化疗也可以引起卵巢早衰。