生殖器的疾病分为两大类:

第一类是感染性疾病，比如感染了性病。像淋病、非淋菌性尿道炎、梅毒、尖锐湿疣、生殖器疱疹这些性病都有可能会发生在生殖器官上，也算生殖器官的疾病。也有可能会感染了普通细菌，比如男性的话，会有包皮龟头炎。女性的话会有阴道炎以及宫颈炎等。

第二大类是生殖器本身的疾病。比如男性的话，有阴茎癌、尿道下裂，女性的话可能会有宫颈癌等疾病。