婴儿先天性心脏病发病机理原因还是比较复杂的，其中一部分跟遗传因素有关，但并不一定家长有先天性心脏病，后代就会有心脏病的发生。

有一些患儿可能是基因突变或是缺失，从而导致的先天性心脏病。并且先天性心脏病基因缺陷种类也是分为多种，某些先天性的宫内感染也会出现此情况，比如常见的风疹病毒感染。

另外还有一些孕妇在怀孕期间接触到某些特殊药物或是放射线等，也会导致宝宝出现先天性心脏病的产生，同时也不排除和环境因素有关。