肝包虫病和肝囊肿的区别主要是病因不同、危害不同、治疗方法不同。

肝囊肿是临床上常见的疾病，主要包括单发性肝囊肿和多发性肝囊肿，病因不明，往往不引起临床症状，仅仅是在囊肿过大才有可能需要临床干预。对于单发性肝囊肿，往往采用肝囊肿去顶开窗术，需要与囊性肝癌相鉴别。

肝包虫病是发生在牧区的寄生虫病，患者有明显的牧区和疫区游行史，并且与犬、狐、狼等动物相接触，由他们的幼虫寄生在人体内感染引起。本病可处于潜伏期而无症状，也可出现感染症状，表现为右上腹疼痛、腹胀和肝肿大等。

通过影像学可以明显区分，对于肝包虫病手术时应当彻底清除寄生虫，消灭残腔。