藏毛囊肿的诊断，可以通过体格检查，以及物理学检查和实验室检查的方法，进行明确诊断。

其中，体格检查主要是通过视诊的方式观察皮肤表面的形态，能够在肛门周围或臀部，见到明显的红肿、疼痛。而做物理学检查，主要是做B超，能够判断皮下肿物的性质，以及化脓感染的程度。而血液检查则主要是做血常规，判断白细胞数量，从而判断这种疾病的感染程度。

而最终的确诊手段，则可以选择皮肤病理学检查，能够将这种疾病进行准确的判断。同时做病理学检查的时候，可以整个切除囊肿，也算是一种治疗的方法。