马尔尼菲青霉病其选择的药物主要是抗真菌药，这一类药物都有一定的副作用，特别是像伊曲康唑这种。通常是建议患者在用药之前，应该先去医院检查一下肝肾功能，如果没有异常，再建议进长期使用。

抗真菌药物最常见的副作用应该就是引起肝功能的异常，另外有可能导致肾功能下降。还有一部分患者可能会出现过敏的反应，比如全身皮肤的瘙痒或者是起大疙瘩。

此外患者也能够出现比较罕见的神经系统的症状，比如可能会出现外周神经障碍或者是头晕。