小孩发烧灌肠本身是没有什么危害的。但是根据儿童体质的不同，灌肠的药物可能会对儿童造成损伤。

而长期反复的灌肠治疗是很容易引起直肠黏膜破损的，而黏膜的破损会导致一些感染性疾病的发生，比如直肠炎等。而灌肠时使用的管道较硬时，也会造成直肠黏膜的破损，但这种可能性较低。

而灌肠是一种临时解决疾病的一种方法，小儿灌肠是可以降低体温的，但可能无法从根本上解决问题，并且长时间的灌肠也是有可能造成电解质紊乱的现象，从而使孩子拉肚子并且引起腹痛、腹胀的情况。