肠子宫内膜异位治疗，可以选择药物治疗和手术治疗。药物治疗多用于一些轻度的有子宫内膜异位症的病人。可以使用达那唑或者甲羟孕酮，连续的服用4到6个月的避孕药，在继之以周期性的用药，来防止异味的子宫内膜增生。手术治疗是适用于中度和重度的病例。这个是是比较有效的治疗方法。主要是尽可能的彻底切除异位的子宫内膜，而且同时要保留生育能力。应该特别注意防止手术后形成的粘连。手术切除对不育症的治疗成功与否的病变严重程度有直接的关系。中度的病例在手术后60%可以怀孕。重度的病人有35%的病人可以怀孕的。