患者在小便时尿液中有泡泡出现，不一定都是由于疾病所引起的，也可能是生理性的表现，具体的原因需要结合患者的具体情况来综合分析。

如果患者尿液中的泡泡均较大，在短时间内自行破裂、尿液颜色偏深，则可能是由于尿液浓缩所引起的，这是一种生理性现象，不需要予以特殊治疗，增加饮水量后可逐渐好转。

如果患者尿液中的泡泡均较细小，长时间不能自行破裂，可能是患者发生了慢性肾功能衰竭、尿毒症或肾病综合征等疾病导致尿液中蛋白含量明显升高所引起的，这类患者病情较为严重，需要及时到泌尿外科就诊，完善肾功能、尿常规、肾脏彩超等相关检查以明确诊断。必要时需要行肾脏穿刺活检，并针对不同的病因积极治疗。