泌尿生殖系统阿米巴病，主要是由于阿米巴原虫侵入泌尿系统所致，所以治疗主要是以抗阿米巴治疗为主，常用的抗阿米巴的杀菌药物主要为甲硝唑、替硝唑一类药物。

由于阿米巴病是一种可以导致自身化脓性感染的疾病，所以当脓肿形成较大时，可以进行手术引流，当引起了其它的症状，如发热等症状时可以对症治疗。阿米巴病可以使自身组织破坏形成脓肿，所以需要及时的补充营养物质。同时要注意做好个人的卫生，使用过的物品要注意进行消毒，避免传染给其他人。