乳头状肿瘤有良性的，也有恶性的。具体哪一种乳头状肿瘤是属于恶性的，需要明确乳头状肿瘤发生的部位以及它的临床表现。

临床上常见发生乳头状肿瘤的部位有甲状腺和咽部，乳头状肿瘤还有可能会发生在其它的组织脏器，只要有上皮的部分，就有可能会发生乳头状肿瘤。咽部的乳头状肿瘤大部分是属于良性的，发生恶变的几率比较小。如果出现了恶变的情况，积极治疗大多预后比较好。

而乳头状肿瘤如果发生在甲状腺上大多是属于恶性的，这种情况下如果早期发现、早期手术治疗，手术之后预后尚可。如果发现比较晚的情况下，可能预后就会非常差。