肝胆管结石的治疗方法需要取决于结石发生的部位，以及有无进行明显临床症状。

对于没有明显的临床症状、结石没有引起胆管局限性扩张，以及结石发生在三级胆管以上时，通常不需要特殊治疗，定期复查肝脏彩超、肝功能等检查，动态评估病情变化，并且注意保持低盐低脂、清淡饮食。

如果肝胆管结石引起胆管炎反复发作时，其主要的治疗方法是手术取肝内胆管结石、切除病灶并引流胆汁，其具体手术方式取决于结石发生的部位，以及有无引起肝萎缩或者胆管狭窄。必要时，也可考虑肝移植手术。