绝经后卵巢囊肿是否会自动消失，需要进一步分析是生理性卵巢囊肿还是病理性卵巢囊肿。如果是在绝经前发现卵巢囊肿持续存在数月，甚至时间更长，这种情况考虑是病理性的卵巢囊肿，绝经后病理性卵巢囊肿不会消失，并且还有可能会进一步增大。

有一部分囊肿在观察的过程中有可能出现恶变，对于病理性的卵巢囊肿建议手术治疗，由于绝经后不会自动消失，所以，如果在绝经之前发现有持续存在的卵巢囊肿，还是选择积极手术治疗，绝经之前发现生理性的卵巢囊肿。一般会在下次月经来潮后囊肿消失，不会持续存在。