两者的区别包括以下几点：

1.病原不同。前者是乙型脑炎病毒，后者是脑膜炎双球菌。

2.传染源不同。前者猪是传染源，后者患者及病菌携带者是传染源。

3.流行季节不同。前者流行于夏季，后者流行于冬春季。

4.病变部位不同。前者主要是脑实质受损，后者主要是脑膜受累。

5.临床表现不同。前者多数患者有意识障碍，极少出现循环功能障碍，而后者较少出现意识障碍却可出现循环功能障碍，并可以出现皮肤的瘀点、瘀斑。

6.脑脊液检查不同。前者脑脊液清亮，白细胞数一般在500以下，以单核细胞升高为主，而后者脑脊液多浑浊，白细胞多在1000以上，以多核细胞升高为主。另外，脑脊液生化不同，前者糖和氯化物正常，后者糖和氯化物下降。

7.确诊依据不同。前者依靠乙型脑炎病毒IgM抗体阳性确诊，后者依靠细菌培养。

8.治疗不同。前者对症处理，后者抗菌药物治疗。