非细菌性前列腺炎，病因十分复杂，对于发病机制，目前没有一个统一的说法。

目前认为其发病原因，主要可能和病原体感染、炎症和异常的盆底神经肌肉活动等因素有关。非细菌性前列腺炎，虽然没有检查出病原体，但是仍然认为可能与一些病原体的感染有关系。某些因素导致排尿功能障碍，使尿液反流入前列腺，可引起前列腺炎。

心理因素，也是引起前列腺炎的一种原因。此外，神经内分泌因素、免疫方面的异常，也可以导致非细菌性前列腺炎的发生。