腹部两侧隐隐作痛，有以下几种原因：

1.肠炎。存在肠炎就容易导致腹部隐隐作痛，很可能是饮食不当，比如经常吃重口味以及辛辣刺激的食物，而且吃不容易消化的食物或者是长时间饮酒，就容易导致肠胃受损形成肠炎疾病，需要积极服用药物进行调理。

2.腹壁肌肉拉伤。存在腹壁肌肉拉伤也容易导致腹部两侧隐隐作痛，一般是在运动的时候强度过大或者是运动方法不当。

3.泌尿系统疾病。存在泌尿系统上的疾病，比如感染的疾病或者是结石类的疾病，也容易导致腹部两侧隐隐作痛。