卵巢囊肿如果比较小，单纯性的卵巢囊肿一般不会引起其它疾病。如果卵巢囊肿比较大，发生卵巢囊肿破裂，可能会引起出血、感染，引起失血性休克或者继发弥漫性腹膜炎。

如果是卵巢子宫内膜异位囊肿，可引起盆腔广泛黏连，引起输卵管不通，导致不孕或者宫外孕，引起继发性痛经。此外还可能发生输尿管子宫内膜异位症，引起血尿、尿痛。还可能发生肠道子宫内膜异位症，引起便血及排便困难。

如果卵巢囊肿是恶性的，不及时治疗可发生全身转移，出现腹胀、消化不良、排便困难、恶病质等。