大部分新生儿肺炎，若能得到规范治疗，一般很少有长期后遗症，不影响发育。

新生儿肺炎的预后，取决于感染的病菌、疾病的严重程度、是否早产儿以及有无其他疾病。一般早产儿存在肺部疾病或者免疫缺陷的患儿得肺炎后病情较重，死亡率较高。但若感染肺炎次数不多并且能成功治愈，一般不会影响发育。

但部分有其他心肺疾病或免疫缺陷的患儿，容易反复肺部感染，恢复能力较差，长时间可导致喂养能力下降、营养不良、生长发育受到影响。如果患儿反复出现肺炎，需要至专科医院诊治。确认是否有其他潜在病因，以免延误病情。