亚急性甲状腺炎后遗症一般不严重，首先亚急性甲状腺炎它就是一种自愈性的疾病，所谓自愈性的疾病，就是大部分情况之下不需要对病情进行特殊的干预和治疗。它本身可以使得病情得到恢复，从这一点亚急性甲状腺炎并不会导致很严重的后遗症，通常亚急性甲状腺炎出现后遗症的概率也比较少，只有一小部分的患者可能会导致出现永久性的甲减。

永久性的甲减治疗相对来说也比较简单，只要遵从医嘱，按时按量服药并且定期的复查甲功水平，及时的调整药物的剂量也能使得患者的病情稳定，不会出现比较严重的并发症。

亚急性甲状腺炎只有出现发热、颈部疼痛比较严重的情况下，需要适当的使用非甾体类抗炎药进行止痛、退烧处理。