肠结核患者会出现腹泻、便秘或者腹泻与便秘交替出现，以及粘液脓血便等。

原发性肠结核很少见，多是继发于肺结核之后，当肺结核患者咽下有结核分枝杆菌的痰液后，可能会引起肠结核。肠结核好发于回盲部，患者通常会有腹痛、腹胀、腹泻、便秘、低热、盗汗、乏力，以及逐渐消瘦等临床症状。当结核侵犯到结肠时，还可引起粘液脓血便。

治疗原则是早期、全程、适量、规律及联合用药，治疗周期较长。