不同恶性肿瘤病人，开始靶向治疗的时间不同。有的恶性肿瘤，可以在疾病的早期阶段就采用靶向药物治疗，而有一些恶性肿瘤，主要是在晚期的阶段才开始使用靶向治疗。比如早期乳腺癌在接受了手术治疗之后，如果病理回报结果显示HER2基因扩增，就可以采用针对HER2基因的靶向药物进行治疗。

如果乳腺癌发展到了晚期，HER2阳性的乳腺癌病人，仍然需要配合化疗使用靶向药物进行治疗。

非小细胞肺癌的靶向治疗大多数是使用在晚期的病人，比如针对EGFR基因突变的吉非替尼、厄洛替尼、奥希替尼等药物，主要是应用在晚期的非小细胞肺腺癌的病人。