对有慢性腹泻或者接受抗生素治疗的婴儿可以补充益生菌来维持肠道的正常菌群平衡。

益生菌的作用可以促进营养物质的消化吸收、增强机体的免疫力、维持肠道的菌群平衡。肠道里面含有复杂的肠道菌群，对机体的生长发育发挥作用，而且益生菌还可以参与食物的消化，可以促进消化液的分泌，增加小肠表面积，从而利于营养物质的吸收。

而且，在新生儿期益生菌可以减少胆红素的肠肝循环，促进胆红素的排泄，可以减轻黄疸的程度。所以在新生儿黄疸时，也可以服用益生菌辅助退黄。