男性患者阴茎上长有水泡时应该如何治疗，需要结合患者的具体病因予以对症治疗，并且预防阴茎皮肤细菌感染的发生。

首先，患者需要及时到泌尿外科就诊，结合相关检查结果以及患者既往病史来明确病因。如果是由于生殖器湿疹所引起的，则可予以糖皮质激素及氯雷他定抗过敏治疗，并予以地奈德乳膏、炉甘石洗剂等药物涂抹患处治疗。如果是由于患者过激的性生活、频繁手淫等原因导致的阴茎过度摩擦引起的水泡，可将水泡挑破，再涂抹莫匹罗星软膏，预防细菌感染发生，多数患者可逐渐恢复正常。

其次，无论是哪种病因引起的阴茎水泡，患者都需要保持阴茎皮肤清洁干燥，避免进食辛辣食物，穿宽松的内裤，在疾病未彻底治愈前应禁止进行性生活。