肾积水的预后取决于肾积水的程度，一般轻度肾积水在治疗后可以完全恢复，不会对患者身体造成任何后遗症或损害。

如果中度肾积，即使经过治疗仍可能对肾脏造成一定的损害。但人体肾脏两侧有许多肾单位，肾单位损失不到30%，不会造成明显的功能损害。如果时间长、积水量比较大的患者，肾功能可能异常，患者可能出现水肿、尿量减少或尿蛋白升高等变化。

巨大的肾积水导致肾实质变薄，可能增加尿毒症的风险。尿毒症是肾积水最坏的预后之一，严重的患者需要长期维持透析治疗。