阴茎不发育或者发育迟缓，最常见的原因是先天性的，也就是多数存在染色体核型异常等先天性因素。

这种情况下不但表现为阴茎不发育或者小阴茎之外，还可以表现为小睾丸。睾酮分泌会显著低下，正因为睾酮水平低下，导致阴茎发育不良。另外，还可以表现为第二性征发育不全，比如喉结不明显、阴毛稀少等。

除此以外，出现阴茎短小的问题并不是发育问题，而是发育后的外观不令人满意，这往往有遗传因素在里面。这种情况下可能会影响到性生活，如果影响到性生活，就需要行阴茎增大延长手术。