真菌性巩膜炎的临床表现与结膜炎的类似。两者都表现有眼红、畏光、流泪、眼痛、分泌物增多。但真菌性巩膜炎伴有视力下降。

查体真菌性巩膜炎表现为巩膜紫红色粗大结节，不可推动。结膜炎表现为结膜出血，充血部位可推动，结膜炎的患者不伴有视力下降。

实验室检查可以取结膜囊分泌物或者巩膜刮片做细菌培养，结合症状体征以及实验室检查不难鉴别。确诊后使用抗真菌的药物进行治疗，比如口服那他霉素。本病愈后较好。