子宫囊肿在医学中多代指宫颈囊肿。女性的阴道、尿道口距离近，如不注意个人卫生容易导致阴道炎症，造成逆行性感染。或不洁性交直接导致宫颈炎症，慢性宫颈炎导致宫颈糜烂。

而在愈合过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞。腺管周围的结缔组织增生或瘢痕形成压迫腺管，使腺管变窄甚至阻塞，腺体分泌物引流受阻、潴留形成囊肿。

囊肿大小不等，一般较小而分散。可单独出现，亦可多个出现。在慢性子宫颈炎时，子宫颈腺体及周围组织都增生，挤压腺管或腺口，也可导致子宫囊肿。