围生期心肌病最常见的并发症是栓塞，相比于其他类型的扩张型心肌病，围生期心肌病并发栓塞的风险明显增高，主要是由于女性在孕期和分娩后的一段时期之内，身体是处于高凝状态的，而且这段时期人的活动是减少的，更容易形成血栓。当合并有房颤的时候，形成血栓的风险会进一步增加，所以对于患有围生期心肌病的女性而言，适当的增加肢体活动，加上抗凝治疗是非常有必要的。

第二个常见的并发症是心律失常，尤其常见于晚期的围生期心肌病，其中最常见的心律失常类型是快速性的室性心律失常，而且容易由此导致猝死，所以对于有室性心律失常的病人，需要进行药物治疗，有的甚至需要植入ICD治疗。