电子结肠镜检查一般需要十五分钟至一个小时不等的时间。电子结肠镜检查是通过肛门将镜头送到结肠的回盲部，然后进行肠壁以及肛管的检查。

检查的时间主要是花费在往回盲部送镜头的过程中，因为这个过程中会对肛门及肠道产生一定的刺激，使患者产生肛门坠胀不适，甚至轻微的腹痛。

如果患者心情放松会配合操作者的检查，最快十五分钟就可以检查完毕，而如果患者精神紧张会造成检查困难，检查时间会在半个小时，甚至一个小时。