4价和9价HPV的疫苗是疫苗本身涵盖HPV病毒的类型不同，这是二者最根本的区别。

4价HPV疫苗涵盖的是HPV16型和HPV18型两种高危的HPV亚型以及HPV6和HPV11两种低危亚型，其中HPV16型和HPV18型是直接导致宫颈癌的病毒亚型，而HPV6型和HPV11型则会导致尖锐湿疣以及一些皮肤性病的病毒亚型。

9价HPV疫苗在4价的基础上增加了HPV31、HPV 33以及HPV45、HPV52和HPV58亚型，这些病毒有可能导致宫颈癌和宫颈癌的癌前期病变，9价是目前涵盖病毒数量及种类最高的免疫疫苗，所以建议越早打越好，打9价最好。