大多数手足口病症状比较轻，所以并不会留下什么明显的后遗症。但如果是比较严重的手足口病，就会影响到中枢神经系统。从而容易造成脑炎，就可能会留下后遗症，患脑炎以后，很容易引起全身性肌肉迟缓瘫痪的现象。

手足口病在完全恢复以后，就容易留下迟缓性的瘫痪症状，会导致全身无力，所以会出现有运动困难的情况，部分严重的患者，还可能会导致语言障碍。

一旦留下这些后遗症，就必须要及时的进行功能训练，这样才有利于孩子的部分恢复，避免长期对孩子造成影响。