人体感染贾第鞭毛虫后，平均潜伏期为1-2周，最多45天。其中很大一部分人没有临床症状。典型的患者是吸收不良综合征和腹泻，患者可能会出现腹泻、水样便、腹胀、腹痛、恶心、呕吐甚至电解质紊乱。

如果感染比较严重可以出现腹泻、血便、里急后重、直肠脱垂、贫血、营养不良等；本病的治疗常用的药物是阿苯达唑、甲苯咪唑。如果感染严重，可以应用内镜下钳取出鞭虫，经彻底治疗后，不发生临床症状或体征，以及粪便检查无包囊即为治愈，此外加强水源管理可以有效防止疾病传播。