甲状腺功能减退在临床上，不同的原因出现的指标异常不完全一致。

对大多数的甲状腺功能减退，其代表性的是三碘甲腺原氨酸、游离甲状腺素及促甲状腺激素水平的异常，一般表现为游离甲状腺素和三碘甲腺原氨酸降低、促甲状腺激素水平升高。

同时多数的由于自身免疫性甲状腺炎相关疾病所引起的甲状腺功能减退，其他的相关抗体，如甲状腺过氧化酶抗体、甲状腺球蛋白抗体，可能会出现升高的情况。但是少数的甲减是中枢性的因素所导致，此时促甲状腺激素水平和游离甲状腺素以及三碘甲腺原氨酸的水平变化一致，都会降低。