妇科囊肿有很多种，不同部位的妇科囊肿，形成原因也不一样。

比如宫颈囊肿，一般是因为患有慢性宫颈炎引起。宫腔囊肿或者输卵管囊肿，大多数也和慢性炎症有关系。卵巢囊肿病因比较多，有先天遗传因素引起的畸胎瘤，还有子宫内膜异位症引起的巧克力囊肿，以及慢性炎症引起的卵巢良性囊肿。还有某些女性由于先天性因素等影响，引起多囊卵巢综合征等。

大多数妇科囊肿，都属于良性肿块，只有很少数会发生癌变。