扁桃体恶性肿瘤早期会在局部进行转移，主要通过直接侵犯进行转移，比如扁桃体恶性肿瘤可以在口腔内转移，破坏口腔的正常组织，可以对临近颌骨造成损害，还可以导致听神经的损伤，患者可以发生面瘫的症状。

扁桃体恶性肿瘤的远处转移早期以淋巴转移为主，肿瘤细胞可以通过淋巴管转移到颈部的淋巴结。

扁桃体恶性肿瘤的晚期肿瘤细胞可以进入血液，可以发生全身性的转移，导致全身重要脏器的损伤，是患者发生死亡的主要原因。