脑炎引起的头痛首先考虑是高颅压引起，可以应用一些降压的药物，常用的有甘露醇、甘油果糖和呋塞米。

也可能是由于发热所导致，如果体温超过38.5℃时可以应用一些退热的药物，比如口服布洛芬、吲哚美辛，也可以口服对乙酰氨基酚。必要时肌肉注射柴胡注射液、赖氨匹林注射液和氨基比林注射液，体温正常后可能会头痛缓解。

也可能是由于发生脑炎后精神紧张压力大所导致，要进行心理疏导治疗，嘱咐患者放松心情减轻压力，让患者有战胜疾病的信心，同时也要进行病原体的治疗，以抗病毒治疗为主。