亚急性甲状腺炎的患者，如果不经过正规的治疗或者不治疗，症状有可能会加重。患者在一过性的甲亢期，一过性的甲减期，时间可能会有延长，但是一般不会出现生命危险，患者可能长期处于亚健康状态。亚急性甲状腺炎的整个病程大约是三个月，患者可以出现不同程度的发烧。

一过性甲亢、一过性甲减，由于病变呈进行性发展，患者可能一侧甲状腺发生病变以后转向另一侧，颈部疼痛时常伴随着患者。亚甲炎的患者在治疗方面一般是对症治疗，如果症状不是很严重，患者一般也没有特殊的治疗，也不需要用皮质激素。

有些患者有可能发生终身性的甲减，但这在亚甲炎的患者发病率很低，大约只占3%左右。