目前对于肠病性关节炎的治疗研究不多，经验与治疗的方案多来自于对于类风湿性关节炎和强直性脊柱炎的治疗中，事实证明这些治疗方案是有效的。尤其是目前对于治疗类风湿性关节炎和强直性脊柱炎均有效的肿瘤坏死因子抑制剂，也证实了其对溃疡性结肠炎性关节炎的疗效。且对克罗恩病疗效显著。目前在临床中柳氮磺吡啶、甲氨蝶呤、来氟米特、非甾体消炎药、肿瘤坏死因子抑制剂单用或联用都经验性的用于肠病性关节炎的治疗。