做头部CT检查一般不会引起后遗症的。但是，反复进行头部CT检查，对人体的辐射比较大，会引起患者一些疾病的发生，比如会诱发患者发生恶性肿瘤的风险。

另外，如果是儿童、婴幼儿或者是孕妇，头部CT检查可能会引起患者生长发育迟缓，导致患者畸形的发生等。

一般头部CT检查是临床上一种常规的检查手段，主要适用于脑血管疾病，比如脑出血和脑梗死患者发病急性期，应常规进行头颅CT检查。如果想进一步明确病因时，可以检查头颅核磁共振和血管成像等。