肛周脓肿主要是因为肛腺受到感染和炎症性的肠病所引起。肛腺被堵塞后引起感染，并继续蔓延到直肠周围的组织间隙，最后导致脓肿的发生。

因为人体的肛腺开口主要位于肛窦，肛窦这个地方容易残留有细菌和粪便，容易引起肛窦炎而波及肛腺感染。

另外，炎症性的肠病，比如克罗恩病、溃疡性结肠炎、肠结核，这些肠道疾病因为长期存在有炎症的刺激，出现大便次数增多，导致肛门局部的皮肤出现溃疡而引起感染，继而形成肛周脓肿。