龟头灼痛的原因是致病菌感染、局部末梢神经受到炎性刺激，即可发生灼痛不适感觉。

由于致病菌感染导致血管过度扩张、组织液渗出，龟头外观可伴随发红、肿大，口服吲哚美辛可对症改善灼痛感觉。同时针对致病菌服用敏感抗生素抗炎治疗，明确真菌感染导致的龟头灼痛，还需要给予伊曲康唑药物抗真菌治疗。支原体感染引起的灼痛不适，可给予大环内酯类药物。

龟头灼痛的另一原因是外力损伤、长时间穿着紧身内裤、性过程中动作粗暴导致龟头部位损伤性疼痛。