急性胆管炎的主要病因为胆汁、滞留与细菌感染、胆汁滞留多因胆管梗阻引起。常见的梗阻因素有胆道先天性或炎性狭窄，胆肠吻合术后，吻合狭窄、反流及寄生虫引起的胆总管括约肌痉挛，细菌可经血液、淋巴、肠道或邻近器官而侵入胆囊与胆管，引起炎症的细菌以大肠杆菌为主，约占70%。

其他有葡萄球菌，溶血性链球菌，变形杆菌等，亦可为混合感染。其中，胃肠道的逆行感染是最常见的发病原因，机体抵抗力下降，如感冒发烧、过度饮酒、身体的一些其他疾病，都可能是急性胆管炎发病的诱因。