肺栓塞往往由于发病急，病情重，所以需要尽快的给予治疗。

在治疗方面，要紧急的给予抗凝治疗，也就是使用肝素等进行治疗，其效果比较好。使用抗凝治疗，主要是可以阻止已经形成的肺栓塞的血栓，避免其继续增长，可以使用链激酶或者是尿激酶等，进行溶栓治疗，以打通被栓塞的肺动脉。

如果经过以上的药物治疗，效果不好，可以采用外科的手术治疗，如取出血栓等。除此之外，可以给于吸入高浓度氧、镇痛、抗休克、解痉等综合治疗。