肛门有个软软的肉疙瘩，处理措施需要结合患者病情进行分析。

首先，考虑患者是否存在痔疮病变，由于患者病史较长，可能出现痔核组织，表现为肛门部位软软的肉疙瘩。多在排便时突出肛门，排便结束后缩回肛门。对于这种情况暂时可以不用处理，注意调整饮食习惯，保持大便通畅，减轻对病变组织的刺激。如果肉疙瘩长期突出肛门，受到摩擦刺激，出现局部水肿。当肛门收缩时，可能形成血栓性外痔，导致患者出现局部疼痛情况，对于这种情况建议手术治疗。

其次，考虑患者是否存在肛肠科息肉病变，息肉组织突出肛门。对于这种病变建议及早手术切除，防止息肉发生癌变。