巴氏腺囊肿是因为巴氏腺管堵塞，分泌物积聚在管腔内行成的。小的巴氏腺囊肿，没有任何症状，也不增大，可以予以观察。当巴氏腺比较大时，大部分都会有外阴部胀痛等不适感。在进行性生活的时候，会有明显不适，一般这种情况还是建议行手术治疗。

另外，有的巴氏腺囊肿因囊液会继发感染，出现局部疼痛、红肿等不适，也是需要手术治疗的。目前巴氏腺囊肿手术一般有巴氏腺囊肿造口术，也就是在囊肿表面取一切口，将囊液流出，手术简单，还可以保留巴氏腺功能，但容易复发。

还有就是行巴氏腺囊肿的剥除术，手术较复杂，术后复发几率低，破坏了巴氏腺功能。目前对年轻女性造口术更多，对年龄大且多次复发的一般就是行剥除术了。