肠易激综合症病因尚不清楚，考虑与多种因素有关，目前认为，肠易激综合症的便利生理学基础主要是胃肠动力学异常和内脏感觉异常。而造成这些变化的机制，也尚未阐明。认为肠道感染后和精神心理障碍也是肠易激综合征发病的重要因素。其中胃肠动力学异常在生理状况下结肠的基础电节律为慢波频率，每分钟6次。而每分钟3次的卖萌频率，足浴分解收缩有关。肠易激综合征的患者，以便秘和腹痛为主者，每分钟3次的漫步频率是明显增加的。再一个是内脏感知异常。职场气囊充气实验表明肠易激综合征患者充气疼痛与明显低于对照组。还有一个是精神方面的因素，心理应激对胃肠运动有明显的影响。有研究发现，因症状而求医与有症状而不求医者相比，有更多的精神心理障碍。对应急反应更敏感和强烈。再有就是与感染有关越来越多的研究提示，部分患者肠易激综合症症状发生于肠道感染治愈之后。其发病与感染的严重性与应用抗生素的时间均有一定的相关性。