怀孕三个月的时候有出血，有可能是宫外孕的表现，也有可能是先兆性流产、流产等原因所引起。

在有阴道出血的时候，需要及时去医院做B超检查，出血期间可以做腹部B超检查。如果在宫腔内没有发现孕囊，很有可能是宫外孕，需要连续几天抽血检查HCG的情况，如果说宫外孕HCG的翻倍不好，在确定是宫外孕的情况下，不可以保留孩子，可以选择使用药物保守治疗，也可以通过手术的方法进行治疗。

在治疗过之后注意多休息，半年内不可以再次怀孕，如果同房一定要注意做好避孕。