婴儿腹泻的时候大便有血丝、粘液，是因为肠粘膜损伤所导致的。引起婴儿腹泻的时候导致肠粘膜损伤的多见的有过敏性的因素，还有感染性腹泻的因素。

过敏性的因素是由于吃的食物对肠道的粘膜上皮有所刺激，导致在局部发生了一些过敏性的反应。出现细胞的脱落坏死和微小血管受损，还有粘液的渗出，就出现了有血丝的粘液便。

再一个有感染性的腹泻，尤其是细菌感染引起的婴儿腹泻。由于细菌的对肠道上皮细胞的侵蚀作用，造成上皮细胞脱落坏死、粘膜损伤和组织中毛细血管损伤，也会导致出现有血丝和粘液便的出现。