支原体肺炎严重的时候需要积极给予治疗，尽早给予抗支原体药物应用，如大环内酯类的抗生素为首选，如阿奇霉素、罗红霉素、红霉素。支原体肺炎严重时给药途径最好是静脉给药，口服给药存在首关消除的效应，药物的生物利用度低。

除此以外还需注意给予对症处理，如退热、止咳、解痉、化痰等药物应用，还需注意休息、多饮水、注意补充营养。对于合并有细菌感染者，可以根据病原学检查针对性选用抗生素治疗。

一般支原体感染引起的肺炎有一定的自限性，多数病例不经治疗也可以自愈。但是早期的抗生素治疗，可以减轻症状、缩短病程。