肛周脓肿的治疗时间需要结合手术方式，在临床上肛周脓肿有两种手术方式：

第一，为单纯的切开引流，手术非常简单，患者可以在门诊完成，术后即可从事正常的工作与生活，术后切口愈合时间一般2~3周，但其会形成肛瘘，需要在3个月以后再次行肛瘘根治性手术才能完全治愈，所以治疗时间前后加起来需要4个月左右。

第二，为肛周脓肿一次性根治术，目前是临床上最常用的手术方式，手术时需要找到内口并将其一并切开，虽然手术创伤偏大，但可以避免二次手术，术后切口完全愈合时间可能需要4~6周。